En tiempos de la Guerra Civil de los mil días, los hospitales e instalaciones médicas se convirtieron en cuarteles militares; los miembros de la Junta Directiva de la Academia Medicina se reunieron entonces al cuerpo médico de Bogotá para proponerle la creación de un Club Médico donde podrían desarrollar su profesión y comentar las actividades científicas, estrechando los vínculos de amistad, tan necesarios en esa época de guerra.

Fue así como 92 médicos fundaron el 20 de julio de 1901 el Club, para “estrechar las relaciones científicas y sociales entre los miembros del cuerpo médico”. Como primer Presidente fue elegido el Doctor Juan David Herrera. Para su funcionamiento tomaron la casa del Dr. José Manuel Marroquín, ubicado en la carrera 7 con la calle real (junto a la casa del Florero). Como Dijera la Revista Médica de Bogotá, en septiembre de 1902, “sin la inauguración de este simpático y útil centro de luces y de cultura había pasado la Fiesta Nacional del 20 de julio completamente eclipsada por la desolación de la guerra civil” Desde su creación el Club Médico ha sido un lugar donde se han gestado sociedades médicas clínicas, y hospitales dando albergue para el desarrollo de las mismas.